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지방소득세의 구조와 적용
당 등을 지급하고 소득세와 소득세분지방소득세를 원천(특별)징수하여 납부한 후 위
○○연금관리공단(이하 “공단”이라 함)이 퇴직급여를 지급하는 경우 공단은 소득세법
제148조 제2호에 따라 퇴직소득금액을 합산하여 소득세 및 소득할지방소득세를 원천
(특별)징수하여 납부하고 있는데 합산계산한 결과, 소득세 및 지방세에 환부세액이
발생한 경우 지방세법시행규칙 제67조의 2 제2항에 의한 환부신청권자의 범위를 검토
하면 다음과 같다.
먼저 명예퇴직교직원의 소득할지방소득세과오납금 발생원인은 첫째, 현행 퇴직급여
산출시 학교와 연급기관과의 재직기간 적용의 차이 때문에 발생하는바, 학교기관은
자체 보수규정에 의하여 명예퇴직수당의 지급기준이 되는 재직기간을 실제 근무기간
으로 하고 있는 반면, 공단에서는 연금법상의 재직기간(병역기간, 유관기관 근무기간
등 포함)을 기준으로 퇴직급여를 산정하고 있다. 특히 학교기관이 재직 중인 교직원
에 대하여 퇴직금 중간정산을 실시한 경우로서 나중에 퇴직자가 퇴직금일시금을 받을
경우에는 학교기관에서는 중간정산 이후의 기간을 기준으로 소득세 등을 원천(특별)
징수하나 공단에서는 연금법에 따라 최초 연금가입시점을 기준으로 계산한 근속연수
를 기준으로 소득세 등을 원천(특별)징수하므로 재직기간 산정기준의 차이에 따른 소
득세 및 소득할주세 과오납금이 발생하게 되는 것이며, 둘째, 지방소득세과오납금 환
부신청권자의 적격성을 검토하면 퇴직교직원에 대한 퇴직급여를 나중에 지급하는 공
단이 소득세법 제148조 제2호의 규정에 의하여 당해 퇴직자의 소득세 및 소득할지방
소득세를 합산하여 원천(특별)징수하는 경우에는 학교기관은 자체 보수규정과 소득세
법 및 지방세법에 의하여 산출한 세액을 정상적으로 납부한 상태이나, 학교기관이 실
제근무기간을 기준으로 원천(특별)징수하여 세액을 납부한 후, 공단이 연금법상의 재
직기간을 기준으로 합산과세하면 학교기관도 소득세 및 소득할지방소득세를 과오납하
게 되는 문제가 발생되는 것이다. 위와 같이 공단이 세액을 합산과세함으로써 사후에
발생되는 과오납금의 경우 당해 과오납금에 대한 환부신청권자가 당초 세액을 납부한
학교기관인지 아니면 추후 납부한 공단인지 환부신청권자의 적격성에 대한 논란이 제
기되는 것이다.
따라서 과오납금 환부권자를 판단하면 소득세법시행령 제42조의 2 제3항에 의한
퇴직소득세 과세대상 일시금계산식의 재직기간(총기여금 불입월수)에 관하여 학교기
관(자체보수규정)과 공단(연금법)이 서로 다른 기준을 적용하고 있고 학교기관별로 각
기 다른 보수규정을 두고 있어 연금법과는 재직기간 차이가 발생되는바, 학교기관이
퇴직급여를 미리 지급하고 원천(특별)징수하여 납부한 후, 공단의 퇴직급여지급시 합
산과세할 경우 재직기간 적용기준의 차이 등으로 인한 과오납금이 계속 발생되어 명
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한국지방재정공제회

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