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지방소득세의 구조와 적용
득세를 납부하여야 하는 것이다. 따라서 특별징수의무자가 특별징수분 지방소득세를 추
가로 특별징수하거나 환급하는 경우에도 조정하여 납입하게 되는 것이다. 근로자가 연
말정산하는 경우로서 근로소득만 있는 경우에는 별도의 확정신고없이 소득세분지방소
득세가 확정되는 것이나 다른 소득이 있는 경우에는 납세자가 종합소득을 확정신고하여
야 하는 것이다. 그런데 기납부한 원천징수분는 소득세를 과소납부하는 경우에는 세무
서장이 이를 추징하는 등 경정결정처분을 하게 된다. 그러나 이를 하지 아니하고 원천
징수의무자로 하여금 매월 지급하는 원천소득에 대하여 원천징수하도록 하는 경우 그에
따른 지방소득세를 귀속연도에 불구하고 특별징수하는 경우에는 근무지에 당해 근로자
가 근무하는 때에는 별도문제가 발생되지 아니하나 다른 근무지로 이전하거나 퇴사한
경우에는 납세지와 부과 징수방법상 문제가 발생하게 되는 것이다.
가) 근로자가 동일사업장에서 계속 근무하는 경우
소득세분지방소득세 납세지는 근로자의 근무지 관할 시?군이므로 부당 연말정산한
근로자가 귀속연도 이후에도 계속하여 당해 근로지에 근무하는 경우에는 특별징수의
무자는 당해 근로자의 소득에서 특별징수분 소득세분지방소득세를 특별징수하여 특별
징수의무자가 소득세 신고시에 부당공제에 따른 지방소득세도 납세의무자의 근무지
관할 시?군에 신고 납입하여야 하는 것이다.
나) 근무지가 변경되거나 퇴직한 경우
근로소득분 지방소득세는 근무지를 관할하는 시?군이나 세무서장이 당해 귀속소득
에 대하여 확정소득으로 경정결정하는 경우에는 경정결정당시 주소지를 관할하는 시?
군이 소득세분지방소득세의 납세지가 되는 것이다. 그러나 부당연말정산에 따른 소득
세분 지방소득세를 특별징수하는 경우에는 세무서장이 확정경정결정하는 처분이 아니
므로 부당연말정산분에 대한 소득세분지방소득세를 특별징수하는 근로자의 당해 근무
지를 관할하는 시?군이 납세자가 되는 것이라 할 것이다.
첫째, 당해 근로자가 연말정산당시의 근무지가 변경되어 다른 사업장에서 근무하는
경우에는 다른 사업장의 특별징수의무자가 지방소득세를 특별징수하게 되는바, 근로
자가 연도 중 근무지가 변경된 경우 납세지는 당해 근로자의 신근무지를 관할하는
시?군이 납세지이므로 부당공제된 귀속연도 소득에 대한 소득세분지방소득세를 특별
징수하는 경우 신근무지를 관할하는 시?군에 신고 납입하여야 하는 것이다. 다만, 근
로자가 연말정산일 현재(매년 12.31.) A사업장에서 연말정산을 하고 그 이후 A사업장
관할 시 ?군이 아닌 B사업장으로 근무지가 변경되어 A사업장 근무연도 연말정산 부당
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한국지방재정공제회

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