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질의와 회신
지방세법령 질의 ? 회신
행정안전부 지방세운영과
1. 지방세 감면분 추징시
정당한 사유
해당여부
질 의
000농업협동조합이 가축분뇨 공동자원화 시설용으로 사용하기 위하여 부동산을 취득하였으
나, 인근 주민들의 반대로 인해 당해 부동산을 유예기간 내에 고유업무에 사용하지 못하고
매각한 경우 “정당한 사유”로 볼 수 있는지 여부
회 신
가. 지방세법 제266조 제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합이 고유업무(법령에서 개별적
으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다)에 직접 사용하기 위하
여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당
한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에
직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된
취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있습니다.
나. 위 규정에서 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는
외부적인 사유는 물론 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인
여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는
토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할
수 없는 법령ㆍ사실상의 장애사유 및 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력
을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지의 여부를 참작하여 구체적인 사안에
따라 개별적으로 판단하여야 할 것으로(대법원 97누5121, 1998.11.27. 참조),
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한국지방재정공제회

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